Les souchothèques sont comme des banques de graines, cryobanques ou laboratoires microbiologiques qui recueillent, conservent et répertorient les différentes souches bactériennes au fur et à mesure de leur découverte et de leur génotypage. Parmi les souchothèques les plus connues figurent l’American Type Culture Collection Center (ATCC) et la Collection Nationale de Cultures de Microorganismes (CNCM) de l’Institut Pasteur.
Exemple : Bifidobacterium breve B3 ATCC-SD5206, où Bifidobacterium indique le genre, breve l’espèce, B3 la souche et ATCC-SD5206 le fait que la souche est déposée auprès de l’American Type Culture Collection Center sous le code SD5206.